Iniciar-se-ia, portanto, a partir desta data, um conjunto de obras de reabilitação arquitetónica no edifício quatrocentista, para mais tarde, em meados desse século, se reerguer o edifício sob o patrocínio do rei D. João V.

Após aquela vistoria, também a lógica gestionária do Hospital Termal foi repensada.

Desde 1532 que a administração hospitalar tinha sido entregue aos cónegos seculares de São João Evangelista, ou Loios, sob tutela da Mesa da Consciência e Ordens, criada também nesse ano de 1532. Durante este período, a figura fundamental da gestão hospitalar foi um provedor escolhido pelo capítulo geral da congregação de São João Evangelista e confirmado posteriormente por provisão régia. Importa lembrar que, depois da nomeação dos Loios para a administração do Hospital de Todos-os-Santos, foram entregues à congregação outros estabelecimentos hospitalares em diferentes cidades, nomeadamente os hospitais de Jesus Cristo de Santarém, do Espírito Santo de Évora, de Nossa Senhora do Pópulo das Caldas e de Nossa Senhora da Conceição de Coimbra, assim como os hospitais das vilas de Montemor, do Vimieiro e da Castanheira.

Mas no século XVIII isso mudaria nas Caldas.

Em 1724, face à ameaça de desmoronamento e incapacidade técnica de resolver os problemas existentes, a Mesa da Consciência e Ordens escolheu João Baptista Barros, arquiteto das Obras das Três Ordens Militares, para fazer o levantamento das necessidades e deficiências estruturais das fundações do hospital, face às anteriores e permanentes campanhas de obras de ampliação. Em 1726, o médico Fonseca Henriques publica “Aquilégio Medicinal”, elegendo as nascentes termais caldenses como as primeiras do seu género. Em 1735, outro médico, Jacob de Castro Sarmento, publica em Londres, onde residia, um tratado, “Matéria Médica Físico-Histórico-Mecânica”, no qual compara as termas das Caldas às europeias de maior nomeada (Aix-la-Chapelle na Alemanha, Bourbon em França e Bath na Inglaterra). As atenções sobre as Caldas aumentavam. Na gestão do Provedor José da Cunha Cardoso, fizeram-se obras, entre 1730 e 1739, incluindo a demolição [parcial] da fachada principal do edifício, o que levou à suspensão do Provedor pela Mesa da Consciência e Ordens. Da parte demolida da fachada, conservaram-se as duas esculturas da Anunciação, posteriormente colocadas na torre sineira da Igreja de Nossa Senhora do Pópulo.

Às Caldas acorriam grupos de viajantes e de peregrinos, que se juntavam aos aquistas das proximidades, à aristocracia cortesã e à família real. A Medicina e a Química evoluíam na Europa, assim como os rituais dos aquistas. No âmbito da empreitada de que se falou atrás, foi pedido, sucessivamente, ao arquiteto João Baptista Barros e ao arquiteto Carlos Mardel, projetos para um edifício para a convalescença dos aquistas, num gesto pioneiro de os levar para um espaço autónomo de descanso após o contato com a água no Hospital, facto que se integra no grande impulso de modernização das estruturas das Caldas e num século em que o termalismo deu avanços importantes, não só na ciência, como no investimento europeu, em grandes estâncias, bem como na procura destes lugares por parte das aristocracias e burguesias.

Caldas da Rainha refundou-se, com a construção de um hospital termal novo e com atenções acrescidas nas infraestruturas da vila. Mas a historiografia internacional não lhe deu destaque. Teremos que ser nós, portanto, a continuar a colocar as Caldas nos estudos comparados do termalismo, em relação às suas épocas históricas mais relevantes.